| 原因は、排卵障害、卵管の障害、子宮頸管粘液の異常、着床障害（子宮障害）、免疫の問題、男性因子があります。
排卵障害とはホルモン異常（視床下部、下垂体の異常、高プロラクチン血症など）により排卵が起こらない、多嚢胞卵巣症、黄体化未破裂卵胞症（卵胞が破裂せず卵子が出られない）などがあります。多嚢胞卵巣症とは、卵巣表面に直径約5mm程度の卵胞が多数存在する病気で、その多数の小さい卵胞はそれ以上の大きさにはならないで、男性ホルモンであるアンドロゲンが増加して、卵巣表面の膜が厚くなってうまく排卵できなくなり、月経異常（無月経、希発月経、無排卵性月経周期）を起こします。
卵管の障害とは卵管に炎症やそれに続く癒着、卵管が細い、卵管の閉鎖、卵管采が卵子をつかめないなどのために精子と卵子が出会えないなどがあります
卵管の癒着は淋菌や一般細菌、クラミジアなどの感染、子宮内膜症などによって起こります。
子宮頸管粘液の異常とは、子宮頸管粘液不全で精子の子宮内への進入が難しいため妊娠が困難になります。
着床障害は子宮内膜症、子宮筋腫などの病気、子宮奇形や発育不全、黄体機能不全などがあげられます。
免疫の問題には精子を異物とみなしてしまう特殊な抗体が頚管粘液の中にあり、精子を殺してしまったり、自分の卵子の透明体に対する抗体を持っていて、卵子の発育が障害されることです。
一度でも妊娠したことがある人の「続発性不妊」の原因はさまざまで、妊娠、出産により子宮や卵管などにダメージを受けたり、感染症にかかってしまって卵管が詰まってしまったりという場合があります。
男性側の因子として、造精機能障害（無精子症・精子無力症・乏精子症・精子奇形）、性交障害（勃起障害・射精障害）、精路閉鎖などがあげられます。
これらの原因以外に不妊症の一通りの検査をおこなっても、全ての検査に異常がない例があり、これを原因不明不妊といいます。
月経不順や冷え症、血行障害、精神的ストレス、肥満、自律神経の失調によっても妊娠しにくくなります。
不妊症を予防する栄養素にビタミンE、亜鉛（ホルモンの生成分泌に重要）、セレン（精子の量を増やす）があります。
またカルシウムは、脳神経細胞の異常な興奮を鎮めるので、ストレス・自律神経症を改善します。
女性は貧血になりやすく、また、鉄欠乏性貧血は黄体機能不全を引き起こすとも言われていますので、鉄分も積極的にとる必要があります。
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